EESSI използва обща защитена инфраструктура за трансграничен обмен на данни между социалноосигурителните институции. Обменът на съобщения между националните институции се осъществява без централно съхраняване на лични данни. Съдържанието е достъпно само за съответните институции, а държавите-членки гарантират висок стандарт на защита на данните в съответствие с правилата на ЕС и най-новите стандарти в ИТ сигурността.

